Daniel Novotný působil do roku 2014 jako analytik Výzkumného centra AMO.
Působil jako Endeavour Research Fellow na Monash University a na Deakin University v Melbourne. V roce 2008 získal doktorský titul (Ph.D.) na University of New South Wales za svou disertaci, která se zabývá rolí percepcí (threat perceptions) mezi zahraničně-politickými elitami Indonésie a jejich vlivem na formování a celkovou dynamiku indonéské zahraniční politiky. Působil jako Research Fellow při The Habibie Centre v Jakartě, Institute of Defence and Strategic Studies a Institute of Southeast Asian Studies v Singapuru a Monash European and EU Centre a Monash Asia Institute v Melbourne.
